Байкальский государственный природный биосферный заповедник расположен на смежных землях трёх административных районов Республики Бурятия: Джидинского, Селенгинского и Кабанского.
Заповедная территория занимает центральный участок горного хребта Хамар-Дабан, протянувшегося в широтном направлении вдоль южного побережья озера Байкал. Главный водораздел хребта Хамар-Дабан условно разделяет территорию заповедника на две неравные половины: большую – северную, захватывающую кроме северного макросклона хребта и полосу байкальского побережья, и мéньшую – южную. Большая, северная, половина территории заповедника лежит в пределах Кабанского района, здесь же, в посёлке Танхой, находится и центральная усадьба заповедника.
Северная граница заповедника проходит по берегу Байкала, то отступая, то приближаясь к озеру почти вплотную, оставаясь отделённой от него лишь узкой полосой отчуждения, на которой расположены Транссибирская железнодорожная магистраль и федеральная автотрасса.
На юге, западе и востоке границы заповедной территории проходят в основном по естественным рубежам – долинам рек: Темник, Левая Мишиха, Выдриная, Верхняя Хандагайта. Общая площадь заповедной территории составляет 167871 га, а протяженность границ достигает 200 км. По периметру заповедник охватывает замкнутое кольцо охранной зоны. Ширина полосы охранной зоны колеблется от 0.5 до 4 км, общая её площадь — 34788 га. На территории Байкальского государственного природного биосферного заповедника произрастает 1147 видов высших сосудистых растений, из них 13 видов включены в Красную книгу Российской Федерации и 48 видов в Красную книгу Республики Бурятия. Эндемиков насчитывается 10 видов, в том числе эндемик хребта Хамар-Дабан – сверция байкальская, очень красивое растение с темно-фиолетовыми цветами из семейства горечавковых, встречающееся в основном на высокогорных лугах. Здесь произрастает 90 видов древесных и древесно-кустарниковых растений.
В настоящее время известно 298 видов мхов, в том числе 2 вида включены в Красную книгу Российской Федерации и 9 видов в Красную книгу Республики Бурятия.
В заповеднике выявлено 775 видов лишайников, в том числе занесенных в Красную книгу Российской Федерации 12 видов, в Красную книгу Республики Бурятии (2013 г.) 37 видов.
Флора грибов составляет 367 видов. Самой многочисленной группой являются базидиомицеты – 287 видов. В Красную книгу Республики Бурятия включено 8 видов и 1 вид в Красную книгу Российской Федерации.
Здесь встречается 376 видов позвоночных животных, в том числе 52 вида млекопитающих, 303 вида птиц, 2 вида рептилий, 2 вида амфибий, ихтиофауна заповедника представлена 17 видами.
Из всех видов птиц, встречающихся на территории Байкальского государственного природного биосферного заповедника и его охранной зоны, 24 вида птиц занесены в Красную книгу Российской Федерации, 68 видов – в Красную книгу Республики Бурятия.
Среди млекопитающих 1 вид занесен в Красную книгу Российской Федерации и 6 видов в Красную книгу Республики Бурятия. Один вид земноводных занесен в Красную книгу Республики Бурятия. Из представителей ихтиофауны 2 вида занесены в Красную книгу Республики Бурятия – ленок и таймень.
Фауна беспозвоночных животных насчитывает более 1700 видов, в том числе 27 отрядов и 182 семейства.Работники заповедника стараются сделать все возможное, чтобы каждый мог с легкостью прикоснуться к удивительной природе Байкала.